Thám Tử Lừng Danh Conan: Tàu Ngầm Sắt Màu Đen lấy bối cảnh tại Pacific Buoy - một trụ sở hàng hải của Interpol có nhiệm vụ kết nối các camera an ninh trên toàn thế giới. Nhóm của Conan, theo lời mời của Sonoko, cũng đến đảo Hachijo để xem cá voi. Tại đây, Conan nhận được thông tin về một nhân viên Europol bị ám sát. Cùng với đó, tính mạng Haibara bị đe dọa, phải chăng thân phận của cô đã bị bại lộ trước Gin…